Accendere il grill.
Preparare la salsa: Togliere il picciolo dai pomodori e dal jalapeño, tagliarli a metà e posizionarli sulla teglia del grill, con la pelle rivolta verso l'alto. Grigliare per 2-5 minuti finché la pelle non sarà annerita e si staccherà. Toglierli e lasciarli raffreddare finché non saranno maneggiabili. Pelare i pomodori. Frullatele con jalapeño, aceto, sale e aglio.
Tagliate metà della cipolla a striscioline sottili. Tagliate l'altra metà a dadini. Rosolate le striscioline nell'olio fino a quando non saranno morbide e dorate (conservate la cipolla a dadini per guarnire).
Aggiungete la passata di pomodoro alla padella con le cipolle, facendo attenzione a non schizzare. Cuocete a fuoco lento per 5 minuti.
Preriscaldate il forno al minimo (90 °C) e preparate quattro piatti da forno.
Scaldate un po' d'olio su una piastra a fuoco medio-alto e friggete le tortillas fino a quando non saranno leggermente croccanti ma ancora morbide.
Disponete le tortillas su quattro piatti: tortilla, fagioli, salsa, formaggio, tortilla, fagioli, salsa, formaggio, tortilla, salsa, formaggio.
Mettete i piatti in forno per mantenerli caldi mentre friggete le uova.
Guarnite ogni pila con un uovo e servite con avocado e cipolla a dadini.